Los antecedentes de la Dirección de Planeación datan de la década de los años setenta, cuando surge a nivel nacional la necesidad de establecer instrumentos de apoyo al crecimiento de las actividades en todos los ámbitos de las instituciones.
En enero de 1974 se da a conocer el documento "Reestructuración Integral de la Educación Profesional de la Universidad de Sonora", con el cual se delinearon los criterios de administración y política universitaria de los años siguientes.
Es en septiembre del mismo año, cuando se crea la “Comisión de Planeación y Desarrollo” de la Universidad de Sonora bajo la gestión del Lic. Alfonso Castellanos Idiáquez (1973-1982), como un órgano de apoyo técnico para la planeación del crecimiento universitario.
Se crea también un Centro Didáctico (1975), adscrito a la Comisión de Planeación y Desarrollo, con la finalidad de desarrollar programas de actualización pedagógica para el personal docente, impartición de cursos de didáctica, dinámica grupal, micro enseñanza, sistematización de la enseñanza, evaluación del aprendizaje, elaboración de programas por objetivos y cartas descriptivas.
Al asumir la rectoría el Mat. Marco Antonio Valencia Arvizu (1989-1993) la institución estaba conformada por estructuras académicas basadas en un sistema híbrido, con características tanto de la organización por escuelas como de departamentos, situación que no permitía la descentralización hacia otras unidades regionales, frenando con ello el desarrollo académico.
Ante esta situación en noviembre de 1991, el Congreso del Estado expidió la Ley Orgánica 4, que plantea una reestructuración de la Universidad con base en un régimen de desconcentración funcional y administrativa, a través de Unidades Regionales, Divisiones y Departamentos.
Es en está etapa cuando se modifica el carácter de la dependencia, dejando de ser un área de staff para constituirse como una Dirección, con atribuciones propias y facultada para conducir el crecimiento de la Institución.
En 2001 da inicio el Programa de Seguimiento y Atención de Egresados, mediante la creación del Área de Estudios de Egresados dentro de la estructura de la Dirección de Planeación. En este año también en el Sistema Integral de Información Administrativa (SIIA), se integra un subsistema a partir del cual cada una de las dependencias académicas y administrativas de la institución capturan las acciones y metas que se comprometieron a cumplir para el periodo de un año, las cuales estuvieron en concordancia con el Plan de Desarrollo Institucional (PDI) y ligadas al presupuesto de ingresos y egresos.
En 2002 se construye un conjunto de indicadores académicos relacionados con la planta académica, los alumnos y los programas educativos, puestos a disposición del público en el sitio web de la Dirección de Planeación.
Durante el periodo del Dr. Pedro Ortega Romero y estando a cargo el Dr. Benjamín Burgos Flores de la Dirección de Planeación se realizaron por primera ocasión los siguientes estudios: Estudio de Empleadores de Egresados, Encuesta de Apreciación Estudiantil y el Estudio de Deserción.
En la administración del Dr. Heriberto Grijalva Monteverde por primera vez en el ámbito institucional se realizó un estudio de egresados de 25 programas de nivel posgrado, así como el Estudio de pertinencia de la oferta educativa de la Universidad de Sonora. Para el 2011 se realiza el Estudio de Empleadores de egresados de posgrado de la Universidad de Sonora.
En el 2013, se elaboró la propuesta de Clasificador de Gasto por Tipo y Clasificador de Gasto por Funciones, armonizados de acuerdo con los lineamientos del Consejo Nacional de Armonización Contable (CONAC) para el cumplimiento institucional de la Ley General de Contabilidad Gubernamental (LGCG), mismos que se agregaron al Catálogo de Cuentas. Asimismo, con el fin de asegurar que el SIIA proporcione los indicadores básicos en tiempo real de la gestión y operación de la institución, la Dirección de Planeación en conjunto con la Dirección de Informática, trabajan en la conformación de una base de datos completa, confiable y segura que funge como base institucional para la construcción de indicadores.
En 2014, el módulo de captura de la planeación para la integración del Programa Operativo Anual (POA) del SIIA tuvo una modificación, dicho sistema permitió que las diversas dependencias administrativas y académicas de la Institución capturaran las metas y actividades correspondientes. Permitiendo la instrumentación, seguimiento y evaluación de los indicadores institucionales, así como el seguimiento del ejercicio del gasto operativo. Así mismo, la Dirección de Informática en coordinación con la Dirección de Planeación lograron estandarizar y automatizar la explotación en tiempo real de indicadores estratégicos, tal es el caso de Trayectorias Escolares e Inscritos, logrando un avance significativo en el porcentaje de indicadores básicos y estratégicos proporcionados en tiempo real por el SIIA.
Considerando el trabajo previo realizado por dichas direcciones, en 2017 la Dirección de Servicios Estudiantiles, en colaboración con la Secretaría General Académica y la Dirección de Planeación, acuerdan un protocolo de operación para la mejora de las trayectorias escolares en las distintas unidades académicas. Para 2018, en coordinación con la Secretaría General Académica se crea el portal de Trayectorias Escolares, el cual actualiza la información relativa al reporte histórico por programa educativo e información pertinente para la generación de datos estadísticos de las trayectorias escolares.
En el periodo 2017-2018 se liberó la plataforma Integgra que concentra el registro de indicadores de las dependencias institucionales.